Las prioridades del Marco de Cooperación están alineadas con las políticas y los planes nacionales estratégicos para el desarrollo. El MC está alineado tanto con los objetivos del Plan Estratégico de Desarrollo Nacional (PEDN) como con sus lineamientos (ver figura 4). El PEDN al 2050, a su vez, se alinea con las 35 políticas de Estado del Acuerdo Nacional. Además, orientó la formulación de la Política General de Gobierno 2021-2026, así como las políticas, planes y compromisos globales del país, como la Agenda 2030 y el ingreso a la Organización para la Cooperación y el Desarrollo Económicos (OCDE).